| Mannschaften | Erg. | Zus. | |||
|---|---|---|---|---|---|
| 06.03.2009 25. Spieltag | |||||
| BSV Kickers Emden SV Werder Bremen II |
3:1 | 0 | |||
| 25.03.2009 25. Spieltag | |||||
| FC Bayern München II VfR Aalen |
4:0 | 0 | |||
| 08.03.2009 25. Spieltag | |||||
| VfB Stuttgart II FC Carl Zeiss Jena |
3:0 | 0 | |||
| 07.03.2009 25. Spieltag | |||||
| Offenbacher FC Kickers BTSV Eintracht Braunschweig |
2:0 | 0 | |||
| 08.03.2009 25. Spieltag | |||||
| 1. FC Union Berlin SG Dynamo Dresden |
2:1 | 0 | |||
| 07.03.2009 25. Spieltag | |||||
| SV Wacker Burghausen Wuppertaler SV Borussia |
2:0 | 0 | |||
| SV Sandhausen SpVgg Unterhaching |
3:1 | 0 | |||
| SSV Jahn Regensburg Fortuna Düsseldorf |
1:2 | 0 | |||
| FC Erzgebirge Aue SV Stuttgarter Kickers |
0:2 | 6.800 | |||
| FC Rot-Weiß Erfurt SC Paderborn 07 |
1:4 | 0 | |||
| Pl. | Verein | Sp. | Gew. | Un. | Ver. | Pkt. | Tore | +/- |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. | 1. FC Union Berlin | 25 | 15 | 8 | 2 | 53 | 40:16 | 24 |
| 2. | SC Paderborn 07 | 25 | 15 | 4 | 6 | 49 | 48:26 | 22 |
| 3. | Fortuna Düsseldorf | 25 | 14 | 4 | 7 | 46 | 39:22 | 17 |
| 4. | BSV Kickers Emden | 25 | 13 | 7 | 5 | 46 | 36:23 | 13 |
| 5. | FC Bayern München II | 25 | 9 | 12 | 4 | 39 | 34:24 | 10 |
| 6. | SpVgg Unterhaching | 25 | 11 | 5 | 9 | 38 | 32:36 | -4 |
| 7. | Offenbacher FC Kickers | 25 | 9 | 10 | 6 | 37 | 31:23 | 8 |
| 8. | SV Sandhausen | 25 | 10 | 7 | 8 | 37 | 41:34 | 7 |
| 9. | FC Rot-Weiß Erfurt | 25 | 10 | 6 | 9 | 36 | 33:29 | 4 |
| 10. | VfB Stuttgart II | 25 | 9 | 6 | 10 | 33 | 40:33 | 7 |
| 11. | BTSV Eintracht Braunschweig | 25 | 9 | 6 | 10 | 33 | 30:29 | 1 |
| 12. | FC Erzgebirge Aue | 25 | 7 | 8 | 10 | 29 | 30:32 | -2 |
| 13. | SV Wacker Burghausen | 25 | 7 | 7 | 11 | 28 | 29:41 | -12 |
| 14. | SG Dynamo Dresden | 25 | 6 | 8 | 11 | 26 | 24:32 | -8 |
| 15. | VfR Aalen | 25 | 4 | 14 | 7 | 26 | 17:29 | -12 |
| 16. | FC Carl Zeiss Jena | 25 | 6 | 8 | 11 | 26 | 26:42 | -16 |
| 17. | SSV Jahn Regensburg | 25 | 5 | 10 | 10 | 25 | 24:39 | -15 |
| 18. | Wuppertaler SV Borussia | 25 | 6 | 6 | 13 | 24 | 23:37 | -14 |
| 19. | SV Werder Bremen II | 25 | 6 | 5 | 14 | 23 | 33:44 | -11 |
| 20. | SV Stuttgarter Kickers | 25 | 4 | 9 | 12 | 18 | 29:48 | -19 |