| Mannschaften | Erg. | Zus. | |||
|---|---|---|---|---|---|
| 01.03.2009 24. Spieltag | |||||
| FC Carl Zeiss Jena FC Bayern München II | 0:2 | 0 | |||
| 14.04.2009 24. Spieltag | |||||
| VfR Aalen BSV Kickers Emden | 0:0 | 0 | |||
| 28.02.2009 24. Spieltag | |||||
| SV Werder Bremen II FC Rot-Weiß Erfurt | 2:1 | 0 | |||
| SC Paderborn 07 FC Erzgebirge Aue | 0:0 | 4.840 | |||
| 15.04.2009 24. Spieltag | |||||
| SV Stuttgarter Kickers SSV Jahn Regensburg | 1:1 | 0 | |||
| 28.02.2009 24. Spieltag | |||||
| Fortuna Düsseldorf SV Sandhausen | 3:2 | 0 | |||
| 01.03.2009 24. Spieltag | |||||
| Wuppertaler SV Borussia 1. FC Union Berlin | 0:1 | 0 | |||
| 28.02.2009 24. Spieltag | |||||
| SG Dynamo Dresden Offenbacher FC Kickers | 1:1 | 0 | |||
| 27.02.2009 24. Spieltag | |||||
| BTSV Eintracht Braunschweig VfB Stuttgart II | 2:0 | 0 | |||
| 28.02.2009 24. Spieltag | |||||
| SpVgg Unterhaching SV Wacker Burghausen | 0:2 | 0 | |||
| Pl. | Verein | Sp. | Gew. | Un. | Ver. | Pkt. | Tore | +/- | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. | 1. FC Union Berlin | 24 | 14 | 8 | 2 | 50 | 38:15 | 23 | 
| 2. | SC Paderborn 07 | 24 | 14 | 4 | 6 | 46 | 44:25 | 19 | 
| 3. | Fortuna Düsseldorf | 24 | 13 | 4 | 7 | 43 | 37:21 | 16 | 
| 4. | BSV Kickers Emden | 24 | 12 | 7 | 5 | 43 | 33:22 | 11 | 
| 5. | SpVgg Unterhaching | 24 | 11 | 5 | 8 | 38 | 31:33 | -2 | 
| 6. | FC Rot-Weiß Erfurt | 24 | 10 | 6 | 8 | 36 | 32:25 | 7 | 
| 7. | FC Bayern München II | 24 | 8 | 12 | 4 | 36 | 30:24 | 6 | 
| 8. | Offenbacher FC Kickers | 24 | 8 | 10 | 6 | 34 | 29:23 | 6 | 
| 9. | SV Sandhausen | 24 | 9 | 7 | 8 | 34 | 38:33 | 5 | 
| 10. | BTSV Eintracht Braunschweig | 24 | 9 | 6 | 9 | 33 | 30:27 | 3 | 
| 11. | VfB Stuttgart II | 24 | 8 | 6 | 10 | 30 | 37:33 | 4 | 
| 12. | FC Erzgebirge Aue | 24 | 7 | 8 | 9 | 29 | 30:30 | 0 | 
| 13. | SG Dynamo Dresden | 24 | 6 | 8 | 10 | 26 | 23:30 | -7 | 
| 14. | VfR Aalen | 24 | 4 | 14 | 6 | 26 | 17:25 | -8 | 
| 15. | FC Carl Zeiss Jena | 24 | 6 | 8 | 10 | 26 | 26:39 | -13 | 
| 16. | SV Wacker Burghausen | 24 | 6 | 7 | 11 | 25 | 27:41 | -14 | 
| 17. | SSV Jahn Regensburg | 24 | 5 | 10 | 9 | 25 | 23:37 | -14 | 
| 18. | Wuppertaler SV Borussia | 24 | 6 | 6 | 12 | 24 | 23:35 | -12 | 
| 19. | SV Werder Bremen II | 24 | 6 | 5 | 13 | 23 | 32:41 | -9 | 
| 20. | SV Stuttgarter Kickers | 24 | 3 | 9 | 12 | 15 | 27:48 | -21 |