| Mannschaften | Erg. | Zus. | |||
|---|---|---|---|---|---|
| 14.12.2008 19. Spieltag | |||||
| SV Werder Bremen II Fortuna Düsseldorf | 2:0 | 0 | |||
| 13.12.2008 19. Spieltag | |||||
| VfR Aalen SpVgg Unterhaching | 2:3 | 0 | |||
| FC Carl Zeiss Jena SV Sandhausen | 2:0 | 0 | |||
| BTSV Eintracht Braunschweig SSV Jahn Regensburg | 0:3 | 0 | |||
| 31.01.2009 19. Spieltag | |||||
| SG Dynamo Dresden FC Erzgebirge Aue | 3:1 | 14.400 | |||
| 13.12.2008 19. Spieltag | |||||
| Wuppertaler SV Borussia FC Rot-Weiß Erfurt | 0:2 | 0 | |||
| 1. FC Union Berlin BSV Kickers Emden | 2:0 | 0 | |||
| 12.12.2008 19. Spieltag | |||||
| Offenbacher FC Kickers FC Bayern München II | 2:0 | 0 | |||
| 04.03.2009 19. Spieltag | |||||
| VfB Stuttgart II SV Wacker Burghausen | 3:0 | 0 | |||
| 13.12.2008 19. Spieltag | |||||
| SC Paderborn 07 SV Stuttgarter Kickers | 2:0 | 0 | |||
| Pl. | Verein | Sp. | Gew. | Un. | Ver. | Pkt. | Tore | +/- | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. | SC Paderborn 07 | 19 | 13 | 2 | 4 | 41 | 38:21 | 17 | 
| 2. | 1. FC Union Berlin | 19 | 11 | 6 | 2 | 39 | 33:15 | 18 | 
| 3. | BSV Kickers Emden | 19 | 10 | 5 | 4 | 35 | 24:17 | 7 | 
| 4. | Fortuna Düsseldorf | 19 | 10 | 3 | 6 | 33 | 28:16 | 12 | 
| 5. | SpVgg Unterhaching | 19 | 9 | 5 | 5 | 32 | 26:26 | 0 | 
| 6. | FC Rot-Weiß Erfurt | 19 | 9 | 3 | 7 | 30 | 27:20 | 7 | 
| 7. | Offenbacher FC Kickers | 19 | 7 | 8 | 4 | 29 | 25:19 | 6 | 
| 8. | FC Bayern München II | 19 | 6 | 11 | 2 | 29 | 24:20 | 4 | 
| 9. | VfB Stuttgart II | 19 | 7 | 6 | 6 | 27 | 35:24 | 11 | 
| 10. | SV Sandhausen | 19 | 6 | 6 | 7 | 24 | 29:28 | 1 | 
| 11. | FC Carl Zeiss Jena | 19 | 6 | 6 | 7 | 24 | 24:28 | -4 | 
| 12. | BTSV Eintracht Braunschweig | 19 | 6 | 5 | 8 | 23 | 23:23 | 0 | 
| 13. | FC Erzgebirge Aue | 19 | 6 | 5 | 8 | 23 | 24:28 | -4 | 
| 14. | VfR Aalen | 19 | 4 | 10 | 5 | 22 | 17:24 | -7 | 
| 15. | SG Dynamo Dresden | 19 | 5 | 5 | 9 | 20 | 16:22 | -6 | 
| 16. | SSV Jahn Regensburg | 19 | 4 | 7 | 8 | 19 | 19:30 | -11 | 
| 17. | SV Wacker Burghausen | 19 | 5 | 4 | 10 | 19 | 24:38 | -14 | 
| 18. | Wuppertaler SV Borussia | 19 | 4 | 6 | 9 | 18 | 19:28 | -9 | 
| 19. | SV Werder Bremen II | 19 | 3 | 4 | 12 | 13 | 25:35 | -10 | 
| 20. | SV Stuttgarter Kickers | 19 | 2 | 7 | 10 | 10 | 24:42 | -18 |